Estou usando o fish, mas também tentei konsole -e bash (insere um "s" visível) lá. Parece que pressionar certas combinações de teclas Ctrl- * insere um Ctrl-S antes de realmente enviar aquela sequência de escape em particular. Por exemplo, Ctrl-L limpa a tela e insere um @s após meu prompt, como se eu tivesse digitado antes o Ctrl-L.
Já desativei a opção "controle de fluxo".