Observe que as aspas simples têm não significado especial em espera (que é uma extensão de Tcl). O Tcl tem diferentes caracteres de citação .
Eu suponho que você quer fazer a conexão remota, defina o caminho e chame R com o resto dos argumentos. Tcl armazena os argumentos da linha de comando na variável $argv
#!/usr/bin/expect -f
spawn ssh user@server
expect "password:"
send "<pass>\r"
# $PATH is already exported
send "PATH=/usr/local/R-3.1.2/bin/:\$PATH\r"
send [join [concat R $argv]]
sent "\r"
# do you then want to drop into an interactive R session?
send 'R\r'
interact