Eu já vi isso acontecer várias vezes. Por exemplo, eu movo um arquivo hipotético para um disco usb.
$ mv somefilename.someext /media/shirish/Seagate/sometilename.someext
depois disso eu simplesmente digo sync -
$ sync
e faz o necessário. Mas se eu fizer a mesma coisa que copiá-lo no mesmo disco rígido, será -
$ cp -r somefolder /media/shirish/seagate/
Agora, se você tentar sincronizar, ele entrará em uma espécie de loop infinito. Alguém sabe por quê?
Atualização - 03/03/2016 - os dados que estou movendo ou copiando geralmente são arquivos de mídia com cerca de 300 MB, portanto, não muito.