Eu não obtive, em qual forma exacly é (a) seus dados originais, (b) seus - possivelmente corrompidos - dados de backup, e (c) você de alguma forma preparou um arquivo contendo os dados perdidos, que seria preencha os dados de backup corrompidos.
Mas aqui estão sugestões:
$ cat missing_data corrupted_data > corrected_backup_data
ou
$ diff original_data corrupted_data > missing_data.patch
e depois
$ patch corrupted_data missing_data.patch
Atenciosamente, Micha