Você deve ser capaz de colocar o arquivo na linha de comando, onde você está colocando o -
cat ./passphrase | scrypt enc mysuperescrettextfile.txt
Na página do manual :
NAME
scrypt — encrypt and decrypt files.
SYNOPSIS
scrypt {enc | dec} [-M maxmem] [-m maxmemfrac] [-t maxtime] infile
[outfile]
DESCRIPTION
scrypt enc encrypts infile and writes the result to outfile if specified,
or the standard output otherwise. The user will be prompted to enter a
passphrase (twice) to be used to generate a derived encryption key.