Você está mudando de usuário ou similar entre invocar do script e executar a partir da linha de comando? Se assim for, talvez o PATH tenha mudado e uma descoberta diferente esteja sendo executada.
Com problemas peculiares como esse, geralmente executo o comando com 'strace' para ver o que ele está fazendo de diferente.
Das duas invocações que você deu, eu não consigo ver nenhuma diferença, há talvez uma sugestão de que você está executando o segundo de um script, então talvez seja aí que está a diferença. Você poderia executar 'pwd' antes de ambos, apenas para garantir que eles estão sendo executados a partir do mesmo local e um 'qual encontrar' também pode ser útil.