Até agora, a única solução que descobri é a reinicialização do krunner quando o "comando de execução" está quebrado.
Eu tenho um script a seguir que normalmente uso logo após o lançamento:
killall krunner
krunner > /dev/null 2>&1 &
Ao executar comando de execução (atalho ou no menu da área de trabalho), ele só funciona em um monitor. Em todos os outros monitores, nenhuma janela é mostrada (está funcionando, a posição da janela "apenas" parece estar quebrada, quando não vejo sugestões, é meio inútil).
Em suas opções são apenas itens que usam para pesquisa, nada relacionado a monitores ou colocação de janelas. Alguma idéia de como consertar esse aborrecimento?
Estou usando o Kubuntu 16.04 LTS.