Há uma opção bash a ser protegida para sobrescrita quando enviar stdout para o arquivo. Por exemplo. cat > file.
Proteger substituir por noclobber.
set -o noclobber
Para forçar a sobregravação:
program >| file2
Leia de: link
Editar: Remova a permissão de gravação do dir, evite remover o arquivo, mas é possível editar esse arquivo. Criar novo arquivo não é possível, sem permissão de escrita no diretório.
com atributos estendidos no sistema de arquivos ext2-4, é possível tornar um arquivo indetectável se o atributo não for removido. chattr + u arquivo
Existem outros atributos para tornar os arquivos apenas inmutáveis. Atributos explicados em: Wikipedia