Você pode usar sed
para excluir linhas no lugar com a opção -i
:
$ cat foo.txt
bar
baz
lorem
$ sed -i '1d' foo.txt
$ cat foo.txt
baz
lorem
Você também pode excluir um intervalo de linhas; por exemplo, sed -i '1,4d' foo.txt
removerá as linhas 1-4.
EDIT: como o don apontou nos comentários, a opção -i
ainda cria uma cópia.