Você pode usar ed
(se as duas primeiras linhas do arquivo não forem um único ponto):
split -n l/5 -d filename split_filename
for i in split_filename* ; do
(echo 1i && head -n 2 filename && echo -e ".\nw" ) | ed -s $i
done
# if necessary remove double header from first file:
sed -i "1,2d" split_filenameaa