Normalmente, esse é o trabalho do init, upstart ou systemd. Principalmente já existem scripts para este trabalho, como /etc/rc.local. E quase todos os daemon vêm com scripts aprovados para um início seguro.
Quick 'n Solução Suja: escreva um script de shell para iniciar o programa. Deve resolver as dependências do usuário, permissões e outras condições prévias ou simplesmente aguardar alguns minutos. Digite o script com crontab -e como
@reboot sleep 120 && /full/path/to/script >& /var/log/mydaemon.log
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