Isso pode parecer óbvio, mas todos os elementos usam o mesmo pool NTP como referência, certo? Você garantiu que todas as suas configurações estão corretas? Mais uma vez, óbvio, mas tive que perguntar. Meus servidores no trabalho estão usando o padrão ntp.pool.gov ou qualquer outro, mas meus sistemas são sempre SEIS minutos diferentes da nossa internet do escritório, executados pela nossa TI, mas tenho certeza de que sua infraestrutura é NTP sincronizada com as minhas configurações. Coincidência? Sim, Provavelmente. FWIW, eu diria que o DopeGhoti está no caminho certo. Qual versão são seus Pi's? Eu tenho uma placa RasbPi B + v1.2 mais velha na minha frente e realmente verifiquei se há uma bateria de backup para garantir que não seja a origem da temporização (o que não acontece). Como você tem certeza que a hora estava correta em seu servidor linux quando os logs foram adicionados? Deve haver um comando de toque (eu acho) que você poderia usar para obter o delta.
E também - qual era o seu fogão, micro-ondas e todos os outros relógios digitais da casa piscando quando você chegou em casa :)?
EDIT: É um longo caminho, mas verifique também sua Pi e sua distro linux para hwclock falso.