Eu não sou um especialista do ImageMagick, mas em alguns experimentos que fiz com um arquivo svg de exemplo, notei que um identify favicon.ico
mostrava que o arquivo resultante estava usando pixels de 32 bits, enquanto o 48.png
tinha uma profundidade diferente. 16 no meu caso. Movendo a opção -colors 256
para ser a última na lista de argumentos, acabei com uma profundidade mais apropriada de 8 bits e um arquivo favicon de cerca de metade do tamanho original.