Use o editor de texto para editar o seguinte arquivo como root:
/etc/default/grub
O editor irá abrir mostrando o conteúdo do arquivo de configuração do grub. Procure por esta linha:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"
Altere a linha adicionando iommu=soft
e agora a linha ficará assim:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash iommu=soft"
Salve o arquivo e saia do editor de texto.
Agora, digite no terminal:
sudo update-grub
Por fim, reinicie seu PC e a alteração recomendada entrará em vigor. Espero que todas as suas portas USB 3 estejam funcionando agora.
Além da recomendação para a qual você estava procurando ajuda, eu procuraria em sua BIOS e examinaria cuidadosamente todas as opções relacionadas a USB.