No final, acabei de criar várias sobreposições, uma para cada um dos diretórios de nível superior em que eu estava interessado.
O objetivo do exercício foi isolar as alterações feitas durante a instalação do pacote e isso parece ser suficiente para a maior parte do tempo.
#/bin/bash
array=( lib home opt bin boot var etc usr srv lib64 root sbin )
mkdir -p /ovl
cd /ovl
rm -rf /ovl/overlay
rm -rf /ovl/workdir
mkdir -p /ovl/overlay
mkdir -p /ovl/workdir
for i in "${array[@]}"
do
mkdir -p /ovl/overlay/${i}
mkdir -p /ovl/workdir/${i}
mount -t overlay overlay -o lowerdir=/${i},upperdir=/ovl/overlay/${i},workdir=/ovl/workdir/${i} /${i}
done