(uma solução imperfeita) Para reduzir o número de janelas na lista, vá para Window Manager Tweaks > Ciclismo > desmarque "Percorrer as janelas em todos os espaços de trabalho". Em seguida, coloque cada aplicativo em seu próprio espaço de trabalho.
Ctrl-F1, etc alterna os espaços de trabalho, depois o Alt-Tab alterna as janelas de aplicativos.