A opção mais flexível e mais direta que encontrei foi a AUFS, ex .:
mount -t aufs -o "br=CustomFolderToWriteAt:CustomTopOverriderFolder:CustomInBetweenOverriderFolders:CustomLowestPriorityFolder" none CustomMergedMountPointFolder
O CustomFolderToWriteAt conterá todas as modificações que serão gravadas no CustomMergedMountPointFolder, mesmo se você touch
a um arquivo, ele criará uma cópia completa de tal, lá.
CustomInBetweenOverriderFolders, pode haver muitos aqui separados por ":".
As alterações nas outras pastas personalizadas são aplicadas instantaneamente na CustomMergedMountPointFolder mesclada.