Suponho que seja porque você está usando servidores de nomes diferentes.
Normalmente, cada domínio (ou zona) tem vários servidores de nomes e os programas escolhem um aleatório.
Você poderia fazer um
dig example.com
para encontrar os servidores de nomes e escolha um.
dig @ns1.registrar.example www.example.com
Somente neste caso você pode realmente fazer um teste comparável entre máquinas. Nota: este método também remove os caches de pesquisa. Talvez você ainda tenha a diferença de velocidade, mas agora está comparando a mesma consulta.