Eu recomendo o plugin protectbase do CentOS, este plugin ajudará ao lidar com vários repositórios de terceiros ou apenas EPEL / RPMForge
Você pode usar "yum --disablerepo = [reponame] update", mas essa é uma opção de uso único se você quiser proteger seu sistema continuamente, então eu recomendo o "protectbase"
"yum install yum-plugins-protectbase"
Em seguida, adicione "protect = 1" nos repositórios que você deseja proteger. Aka CentOS-Base E adicione "protect = 0" ao epel.repo. Isso deve resolver os conflitos mais comuns ao lidar com repositórios de terceiros.
Eu criei um guia mais detalhado no meu blog aqui Lidando com vários repositórios no CentOS 4/5/6/7