No final, achei mais limpo criar um script muito simples networkmanager (8) dispatcher.d para adicione a rota quando a interface estiver on-line:
/etc/NetworkManager/dispatcher.d/99-he-ipv6-add-default-route
#!/bin/bash
[[ "${1}" -ne "he-ipv6" ]] && exit
if [[ "${2}" -eq "up" ]]; then
ip route add ::/0 dev he-ipv6
fi