cat input.txt |grep "href='http://example.org/index.php?showtopic=" > output.txt
cat gera o conteúdo do arquivo que é enviado ao grep. grep compara linha por linha e escreve linhas inteiras no texto de saída.
Como alternativa, você pode usar o sed:
sed -n "\#href='http://example.org/index.php?showtopic=#p" input.txt > output-sed.txt