Depois de perguntar no site de desenvolvimento do lxqthttps: //github.com/lxde/lxqt/issues/1179#issuecomment-255884285 acontece que eu estava usando o gerenciador de janelas Xfwm4
e em sua configuração padrão ele oculta a minimização botão em certos tipos de janelas. No meu caso, as janelas sem minimizar os botões são janelas de aplicativos regulares e não se enquadram nessa categoria, que geralmente são diálogos de configuração e outras caixas de diálogo modais.
Minha correção, entretanto, é mudar para Kwin
do meu gerenciador de janelas até aprender a configurar o Xfwm4
corretamente.