O formato correto para uma data-hora que será analisada corretamente pela data GNU é:
$ LC_ALL=C TZ=UTC0 date +"%Y-%m-%dT%H:%M:%S%z"
2016-09-28T04:08:55+0000
E isso evita espaços também, o que pode gerar outros problemas.
Se o seu arquivo contiver uma linha por data, como:
$ cat dates.txt
1992-03-28T14:26:01+0000
2004-02-29T21:02:02+0000
2005-02-28T21:02:03+0000
2015-07-02T11:52:04+0000
2016-03-31T01:36:05+0000
Então isso funcionará:
$ TZ=America/Los_Angeles date -f infile
Sat Mar 28 06:26:01 PST 1992
Sun Feb 29 13:02:02 PST 2004
Mon Feb 28 13:02:03 PST 2005
Thu Jul 2 04:52:04 PDT 2015
Wed Mar 30 18:36:05 PDT 2016
Se o que você deseja fazer é criar um arquivo com "comandos de data", como em:
$ cat dates.txt
date -d "1992-03-28T14:26:01+0000"
date -d "2004-02-29T21:02:02+0000"
LC_ALL=C TZ=UTC0 date -d "2005-02-28T21:02:03+0000" +"%Y-%m-%d"
TZ=America/Los_Angeles date -d "2005-02-28T21:02:03+0000"
date -d "2015-07-02T11:52:04+0000"
date -d "2016-03-31T01:36:05+0000"
Então você precisa executar cada linha com o shell.
Uma solução rápida é a fonte do arquivo e todos os comandos serão executados.
$ . ./dates.txt
Sat Mar 28 14:26:01 GMT 1992
Sun Feb 29 21:02:02 GMT 2004
2005-02-28
Mon Feb 28 13:02:03 PST 2005
Thu Jul 2 11:52:04 GMT 2015
Thu Mar 31 01:36:05 GMT 2016
Isso responde à sua pergunta?