É porque alguns programas não podem ter "qualquer" largura ou altura da janela. É o caso do emacs e do terminal, que são desenhados na tela como um número de colunas e linhas, mas cada coluna e linha tem um tamanho específico.
Aqui está um exemplo (no meu próprio PC) tentando colocar cada um para usar metade da tela automaticamente: 
Como você pode ver, existe um espaço no meio, e ambas as janelas deixaram um espaço na parte inferior, mas eu posso não aumenta sua altura porque não há espaço para uma linha adicional. E a mesma coisa acontece se eu tentar aumentar a largura de qualquer uma das janelas, elas terminarão com a outra.
Espero que minha resposta esteja clara.