Isto é definido no settings-ini dos temas.
Por exemplo
cat /usr/share/themes/Albatross/gtk-3.0/settings.ini
[Settings]
gtk-color-scheme = "base_color:#ffffff\nbg_color:#ededed\ntooltip_bg_color:#d6dce4\nselected_bg_color:#a9b7c4\ntext_color:#444444\nfg_color:#202020\ntooltip_fg_color:#222222\nselected_fg_color:#333333"
gtk-auto-mnemonics = 1
gtk-visible-focus = automatic
Troca automática para falsa.
Editar: arquivo correto, mas chave errada gtk-enable-tooltips = false