É difícil entender o que você entende por "substituir" neste contexto. Mas como você já tem uma partição com o Elementary, não precisa fazer nada do Windows. O instalador do Linux Mint pode reformatar essa partição para você.
Existe um bom guia aqui: link
Para resumir:
- Inicialize a partir da mídia de instalação do Linux Mint.
- Reformate a partição com o Elementary.
- Instale o Linux Mint na partição que anteriormente Elementar realizado.