Parece que precisei adicionar a configuração de filtro de pastas em [Repositório Local] e [Repositório Remoto] para que funcione.
Tho FWIW, se você apagar um diretório de Maildir
e de .offlineimap/Account-{SOMETHING}/LocalStatus-sqlite/
, .offlineimap/Account-{SOMETHING}/Repository-Remote
e .offlineimap/Account-{SOMETHING}/Repository-Local
e removê-lo do servidor, você poderá se livrar dele.
Qual é o que eu realmente queria - conseguir que offlineimap
parasse de recriar era uma estratégia de backup quando eu não conseguia descobrir como matar a pasta corretamente.