Seu script não está usando a variável filename
do loop. filename.fastqsanger
não se refere a uma variável e implica que o nome completo do arquivo não está presente, embora seja.
Aqui está a versão corrigida:
for filename in /Test/*.fastqsanger; do
awk '{if(NR%4==1) {printf(">%s\n",substr($0,2));} else if(NR%4==2) print;}' < $filename | awk 'NR%2==0' | sed 's/TGAGATGTGA/*/p' | cut -d '*' -f 2 -s | sort -k 1.180,1.194 -u | cat -n | sed 's/^/>/' | tr "[\t]" "\n" > $filename.fasta
done