Provavelmente existe uma maneira i3 de configurar o layout de teclado correto, mas como nunca usei o i3, não posso ajudar com isso. Uma abordagem mais genérica é usar setxkbmap
:
setxkbmap se
Você pode executar o comando manualmente ou adicioná-lo ao arquivo de inicialização do i3. Como alternativa, você também pode colocá-lo em ~/.profile
.