Tem certeza de que o FTP é a solução que você gostaria de usar? Você já ouviu falar do SCP? O SCP é exatamente como o FTP, pois é usado para transferir arquivos, mas é feito por meio do SSH, o que pode facilitar a administração e permite que você transfira arquivos com mais segurança.
Se você decidir experimentar o SCP, você deverá adicionar seu usuário ao grupo www-data (como imagino que ele tenha acesso + RW ao / var / www /) e então executar o comando a seguir:
scp ~/Projects/site/index.html user@host:/var/www/
Se você tem 100% de certeza de que deseja usar o FTP, informe-nos qual servidor / daemon de FTP você está usando para melhor ajudá-lo a configurá-lo para seus objetivos.