Para quem quer uma solução, aqui vai: o comando de instalação não funciona recursivamente. Então eu escrevi um script de shell que faz o truque.
O primeiro argumento é a pasta que você deseja copiar e o segundo é o diretório de destino
#!/bin/sh
# Program to use the command install recursivly in a folder
magic_func() {
echo "entering ${1}"
echo "target $2"
for file in $1; do
if [ -f "$file" ]; then
echo "file : $file"
echo "installing into $2/$file"
install -D $file $2/$file
elif [ -d "$file" ]; then
echo "directory : $file"
magic_func "$file/*" "$2"
else
echo "not recognized : $file"
fi
done
}
magic_func "$1" "$2"
Ele também está disponível como uma aqui