Você pode manter o gerenciador de inicialização para cada sistema operacional em suas respectivas unidades e usar o BIOS para escolher qual disco inicializar. Todo computador que eu já vi tem uma tecla que você pode pressionar durante a tela BOIS POST para levá-lo a um menu de qual dispositivo você quer inicializar. Às vezes você precisa ativá-lo no BIOS primeiro. Geralmente, a chave é F8 em desktops, mas eu também vi ser F12 ou F2 ou ESC, depende da sua placa-mãe (alguns dizem qual é a chave na tela do POST).
Este método tem a vantagem de você poder mexer o quanto quiser com uma distro sem o risco de quebrar o gerenciador de inicialização de outra. Ele também permite limpar, substituir, remover ou adicionar discos sem se preocupar em interromper as outras distros. Além disso, você pode reinstalar o Windows sem limpar / quebrar suas distribuições linux (embora você possa precisar desconectar as unidades primeiro).
Como as unidades são auto-contidas, você também pode fazer algumas coisas interessantes, como inicializar as outras unidades como em um vm, mas ainda manter a opção de inicializar fisicamente.