A segurança física é segurança. Você tem três opções:
- Faça login como root no console ou pelo ssh.
- Inicialize no modo de usuário único, que tradicionalmente não precisa da senha raiz (mas pode estar no seu sistema).
- Monte a imagem do disco a partir de outro sistema operacional.
Qualquer um desses recursos permitirá que você altere a propriedade de qualquer arquivo no disco. Se nenhum deles é uma opção para você, você está sem sorte, mas você também não está no controle: outras coisas - que não são erros - podem acontecer que exigem acesso ao console.