Eu tenho instalado o Debian 8.4 x64 com apenas GNOME. Então eu instalei o Skype nele. Conectado com a conta da Microsoft. E quando eu abro a página no Firefox e clico no botão, o Skype pede claramente para permitir a ação, então ela se reinicia e imediatamente depois disso, funciona. Note que funciona apenas com a versão "mais recente" disponível 4.3.