O PHP está tentando usar um soquete diferente daquele em que o MySQL está escutando.
Para ver em qual socket o MySQL está escutando, execute:
mysqld --verbose --help|grep ^socket
socket /var/run/mysqld/mysqld.sock
Para ver o soquete que o PHP tenta usar, você pode verificar a saída do script <?php phpinfo(); ?>
, é variável mysqli.default_socket
. Você pode alterá-lo no seu arquivo php.ini
(geralmente em /etc/php5/apache2/
).