O PHP está tentando usar um soquete diferente daquele em que o MySQL está escutando.
Para ver em qual socket o MySQL está escutando, execute:
mysqld --verbose --help|grep ^socket
socket /var/run/mysqld/mysqld.sock
Para ver o soquete que o PHP tenta usar, você pode verificar a saída do script <?php phpinfo(); ?> , é variável mysqli.default_socket . Você pode alterá-lo no seu arquivo php.ini (geralmente em /etc/php5/apache2/ ).