Para mim, parece que sua atualização reinicia um serviço de algum tipo que desconecta sua conexão. Como alternativa, você solta apenas a conexão e o estado médio de atualização é parafusado com o sistema, resultando na necessidade de uma reinicialização.
Normalmente, eu acho que um gerenciador / interface de rede foi atualizado, e "reinício da rede de serviço" aconteceu.
O problema aqui é que quando sua sessão ssh é fechada, o programa / script / whatevs que você executa é fechado. O que significa que se você executar o apt-get upgrade e a sessão fechar, a atualização será interrompida abruptamente ao mesmo tempo que a sessão ssh é fechada.
Eu sugeriria executar a atualização em uma tela (acho que seria possível), ou conectar uma tela externa ao seu Beaglebone.