É isso, finalmente consegui habilitá-lo, levei 6 horas pesquisando. Consegui com ajuda de https://www.eclipse.org/forums/index.php/t/305157/ .
Inserido em Configuração de execução, em perspectiva e definido:
Na guia principal:
Projeto: nome do projeto
Aplicativo C / C ++: /usr/bin/gnome-terminal
Guia Argumentos:
Argumentos do programa: -e ./nameofproject *
** você pode adicionar a configuração --window-with-profile=PROFILENAME gnome-terminal para executá-la com outros perfis.
Diretório de trabalho:
Aqui defina o diretório exato de localização de arquivos:
${workspace_loc:nameofproject/Debug}
E desmarque "Usar padrão"
Guia Ambiente:
Nenhuma alteração
Guia comum:
Desmarque Alocar Console (necessário para entrada) no quadro Entrada e Saída Padrão.
Inscreva-se e execute.