A resposta curta é sempre usar o UTC como seu fuso horário para todos os dispositivos que acessam a mídia ou não usar o FAT32, mas o NTFS ou similar para a mídia removível:
A maneira como os registros de data e hora da loja do Windows e Linux diferem, e há problemas intratáveis devido ao fato de um registro de data e hora do arquivo ser armazenado na hora local, mas o fuso horário não é armazenado.