Parece haver várias respostas para isso em nosso site irmão askubuntu.com , como este que pede para você
grep enabled /proc/acpi/wakeup
Você deve encontrar entradas para os hubs usb da sua placa-mãe, como
EHC1 S4 *enabled pci:0000:00:1d.0
EHC2 S4 *enabled pci:0000:00:1a.0
Para cada hub, você pode alternar a configuração para disabled
ecoando no mesmo arquivo apenas o nome na primeira coluna, por exemplo, como raiz
echo EHC1 >/proc/acpi/wakeup
Você precisaria fazer isso após cada inicialização, é claro.