Minha impressão é que, enquanto a configuração da variável CFLAGS é efetiva quando o bash é o shell padrão, ela não faz efeito com dash (o shell do Debian Almquist).
Antes de mais nada, por favor corrija-me se a minha observação estiver errada.
Em segundo lugar (se minha observação estiver correta), como posso obter uma variável global CFLAGS efetivamente percorrida?
Eu configurei a variável em ~/.profile assim:
export CFLAGS=-march=native