Respondida por Braiam nos comentários:
Descobri que é porque o tema depende de algumas funções do gtk2 (como o tema sugere em um link na descrição) não presentes no gtk3 e é por isso que ele falha. Eu tentei no meu Debian 7 e falhei também. Então, o (s) tema (s) é muito antigo ou o Chrome não suporta a transparência em sistemas mais novos.