Eu tenho exatamente o mesmo problema. Você conseguiu consertar isso eventualmente?
12.10 funcionou perfeitamente, mas 13.04 usa driver diferente (Gálio 0,4). Também para evitar tela preta, eu preciso inicializar com "nomodeset" ou "i915.modeset = 0", e eu li que o Mesa 2.1 e acima tem problema com isso. Precisa de KMS.
EDITAR: Resolvi-o. Acontece que é questão trivial. Sim, a coisa nomodeset mexe com o driver gráfico causando aceleração 3D para não funcionar. A única razão pela qual eu estava usando o nomodeset era consertar a tela preta. Acontece completamente desnecessariamente. Eu inicializo normalmente, obtenho 'tela preta' ... e corrija isso apertando Fn + F5 (também conhecido como botão de brilho). :) Agora 13.04 está correndo rápido com aceleração 3D.