O que é executado quando um programa oferece a você para abrir um arquivo no Linux?

Question

Existem vários programas que dão a opção para o usuário a abrir um arquivo em seu computador (editores de texto são um exemplo comum). Isso abre uma janela que me permite encontrar o arquivo que desejo selecionar. Normalmente, ele usa meu gerenciador de arquivos padrão. No entanto, existem alguns programas que são carregados um gerenciador de arquivos completamente diferente para o futuro que não é definitivamente Nautilus (eu uso Nemo, que é um fork do Nautilus para Canela). Então minhas perguntas são:

1. O que é executado quando escolho abrir um arquivo de um desses programas?
2. Como posso garantir que o mesmo gerenciador de arquivos seja usado em todos os programas quando tento abrir um arquivo?

Em uma nota lateral, o programa específico que tenho em mente que carrega um gerenciador de arquivos completamente diferente é apenas um programa Java que eu baixei do www.nand2tetris.org/software.php para um curso. Não é nenhum pacote fornecido por nenhum repositório. Eu não tenho certeza se isso pode ser a razão por que motivo esse problema está ocorrendo, mas eu acho que é importante incluir.

Me desculpe se esta pergunta é ruim ou difícil de entender, é bastante difícil de pronunciar. Se eu estiver faltando algum detalhe, por favor, me diga, e eu vou adicioná-lo.