Ao procurar por problemas de hardware, o Arch Wiki é um excelente recurso.
"Você pode usar o pacote AUR un-apple-keyboardAUR. Atualmente ele só funciona para o modelo USB de alumínio." Não tenho certeza se este é seu modelo.
Isso alterna as teclas cmd e meta $ echo 1 | sudo tee /sys/module/hid_apple/parameters/swap_opt_cmd
Execute o seguinte comando para anexar a linha de configuração ao arquivo e tornar a alteração permanente.
/etc/modprobe.d/hid_apple.conf creating it if necessary:
$ echo options hid_apple swap_opt_cmd=1 | sudo tee -a /etc/modprobe.d/hid_apple.conf