Excluindo certas palavras do nome do arquivo

Question

Eu tenho um conjunto de arquivos que, quando processados em meu software, são exibidos com um nome diferente (denotando que ele concluiu com êxito o processo).

Por exemplo, o arquivo de entrada pode ler SAM111_tsta.fastq e sair como SAM111_tstaAligned.SortbyCoord.bam.

Eu estou querendo saber, se existe uma maneira (via linha de comando) para vasculhar um diretório recursivamente e localizar todos os arquivos que têm 'Aligned.SortbyCoord.bam "e ter apenas' Aligned.SortbyCoord 'removido para que eu acabe com 'SAM111_tsta.bam?

    

Answer 1

Se você se encontrar parecido com este . Você deveria ser capaz de fazer algo como:

find dir -name '*_tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'mv "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

Embora o bash ${var//find_all/substitute_with_this} seja usado, você só corresponderá aos arquivos que terminam com _tstaAligned.SortbyCoord.bam , pois esse é o padrão dado a find . Você, no entanto, substituirá todas as ocorrências de _tstaAligned.SortbyCoord.bam no nome, se houver algum arquivo com vários. (Acho que não.)

Para testes, faça algo como:

find dir -name '*tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'printf "mv \"%s\" \"%s\"\n" "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

    

Answer 2

Existe o comando rename,

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' -exec rename Aligned.SortbyCoord '' + \;

o que acontece é em util-linux para você d tem que instalá-lo, o pacote tem algumas coisas boas nele.

Ou você pode arrumar uma lista simples com

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" ".bam"/e'

se o sed for novo o suficiente ou

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" ".bam"/' \
| sh -x

se não for, ou você pode fazer uma função de shell rápida para fazer isso,

doit () { while read; do mv "$REPLY" "${REPLY%Aligned*}.bam"; done; }
find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | doit

ou como um oneliner

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | while read f; do mv "$f" "${f%A*}.bam"; done

    

Answer 3

Execute o comando abaixo no diretório em que você suspeita que os arquivos indesejados estão presentes:

Encontre. -iname " Aligned.SortbyCoord.bam " | xargs rm -f

Eu recomendo executar o comando find primeiro para validar os arquivos necessários que saem como saída e, em seguida, excluí-los usando xargs rm -f.