Eu nunca ouvi a remoção do cPanel exigindo recarregamento do servidor, mas acho que é seguro assumir que é a prerrogativa da empresa de hospedagem. Se o que eles querem dizer com recarregamento é a reinstalação do sistema operacional no servidor, a resposta é sim, ele removerá o que você fez nesse servidor.
Tendo dito isso, é muito difícil para mim entender qual é o propósito deste servidor e por que os registros de e-mail e DNS estão mudando com a recarga do servidor. Eu não estou dizendo que isso está fora da norma, mas, se eu acho que sei o que você quer dizer com configurações de registro e e-mail DNS, eles precisam ser atualizados no provedor de DNS, não no servidor, ou seja, recarregar o servidor não tem nada para (a menos que seu servidor esteja sendo usado como um servidor DNS ao mesmo tempo) com essas configurações. Além disso, se este for o caso, cPanel, não será de muita ajuda além de um ponto concentrado de gerenciamento.O que você precisa é da ferramenta que seu registrador de domínio fornece, que ajuda você a definir essas configurações. Se você usou uma empresa, que disse "registro de domínio gratuito, com contrato de hospedagem pré-pago de um ano" ou algo semelhante a isso, eles são os únicos que fornecem as ferramentas de gerenciamento de DNS. E se o seu cliente for um cliente contínuo que você oferecerá suporte, você tem duas opções: (1) aprender a usar suas ferramentas individuais ou (2) pagar pela assinatura do cPanel em andamento, fora da taxa de manutenção que você é cobrando-os. Sugiro a opção (1), mas para cada um deles.