Atualização: Eu já consertei, o que fiz foi usar um tutorial nos Fóruns do Ubuntu para criar um arquivo DEB com as pastas (ilegíveis) dentro dele, mas definido como somente leitura por qualquer um e, em seguida, instalado a partir do Deb via Chroot e que de alguma forma corrigido e agora os usuários recém-criados funcionam corretamente. O desenvolvimento agora pode terminar como normal do sistema operacional ...