A diferença deve-se ao fato de o Linux reservar 5% do espaço (por padrão) no sistema de arquivos para o usuário root. Você pode dizer que, no seu caso, o valor faltante é de 5% do valor total. Este espaço reservado não é considerado disponível nem está em uso. Assim, todas as figuras estão corretas.
O Linux faz isso por vários motivos. Por um lado, se algo fosse para preencher o disco completamente, na verdade, apenas preencheria 95%. Dessa forma, ainda há algum espaço de manobra para os processos do sistema e o usuário root para corrigir o problema sem que o sistema inteiro falhe. Segundo, alguns sistemas de arquivos (ext2 / 3 em particular) começarão a sofrer fragmentação quando operarem em uma capacidade próxima por um tempo prolongado, degradando o desempenho.