Você pode usar diff para gerar um patch com arquivos novos, antigos e conflitantes.
diff -Naur Libc-825 Libc-1044
O estado de flags -N trata os arquivos ausentes como novos, -a todos os arquivos são texto, -u mostra linhas antes e depois do diff para facilitar a identificação e -r recursivo. Você pode aplicar o patch ao diretório antigo e obter os resultados mesclados.