Este comando a seguir dará a você o nome do aplicativo focado
xdotool getwindowfocus getwindowname
Usando isso, você pode escrever um script wrapper para atingir sua meta.
por exemplo,
while [ true ]
do
FocusApp='xdotool getwindowfocus getwindowname'
if [ "xTerminal" -eq "x$FocusApp" ]; then
xinput disable bcm5974
else
xinput enable bcm5974
fi
done
O código acima será executado para sempre, verificando a aplicação focada. Se obtiver o resultado esperado, execute a condição if caso contrário, execute outra condição.
Você pode ajustar este script para se adequar à sua fatura.